將采用物理、化學或藥物的手段將微生物全部殺死。大家都知道在食用菌栽培材料及空氣、水和用具上到處都有微生物存在，當培養(yǎng)一種真菌時，培養(yǎng)基、器皿或用具必須經(jīng)過滅菌后才能使用，否則會使培養(yǎng)物被其他真菌或微生物侵染而影響實際栽培。滅菌的方法很多，常用的方法有以下幾種。 

    1、干熱滅菌。由于一般玻璃用具，培養(yǎng)皿、吸管等將滅菌材料。用報紙包好后，放入烘箱中。使溫度逐漸升至150—160℃保持2小時后，關閉電源。使緩慢冷卻。（降溫太快時玻璃易碎）即滅菌完畢。 

    2、濕熱滅菌。濕熱滅菌就是利用蒸汽殺菌。它不需要像干熱滅菌時那樣高的溫度，因為加熱殺菌是使微生物的蛋白質(zhì)凝固。而蛋白質(zhì)凝固時與含水量、溫度等有關，含水量大時使其凝固所需要的溫度低，反之、含水量小使其凝固時所需要的溫度高，溫熱滅菌又分常壓和高壓兩種。 ①、常壓法 常壓滅菌是用蒸汽鍋（或普通鍋）蒸的方法。溫度達到100℃起一般需要4—6小時，溫度不超過100℃時，根據(jù)滅菌量的多少，一般保持在8—24小時。即可達到無菌效果。在沒在高壓滅菌設備或在高溫滅菌易破壞的培養(yǎng)基情況下多采用此法。另常壓滅菌還有間歇滅菌法。 此法比較麻煩，通常必須進行三次。每次一小時，因為第一次蒸后，其中營養(yǎng)細胞被殺死，而其芽胞還保持著活力，所以蒸后，將培養(yǎng)基放入溫箱中24小時，待其芽胞萌發(fā)后，再蒸第二樣再經(jīng)24小時，蒸第三次，這樣才能滅菌徹底。 ②、高壓法 此法乃是利用高壓蒸汽殺菌鍋進行滅菌，當用蒸汽滅菌時，如鍋內(nèi)增加壓力，則溫度亦隨之增高，例如壓力0.56公斤/厘米2=0.55帕斯卡。溫度為112.6℃；如壓力1公斤/厘米2=0.98帕斯卡。溫度可達120—121℃。通常理想滅菌干120℃，20分鐘能達到目地。115℃、30分鐘也就可以了。使用高壓殺菌鍋時要分別注意兩點。一是增壓前必須把鍋內(nèi)冷空氣排盡，否則壓力雖然升高，而其溫度達不到要求。二是滅菌完畢后，應使鍋內(nèi)壓力徐徐下降，不然，容皿中液體會噴出。棉塞也易脫落，致使前功盡棄，在無烘箱時，其它器皿也可用溫熱滅菌，滅菌前應該用紙包好。 

    3、火焰滅菌。對于接種針或其它金屬用具的滅菌，可直接在酒精燈火焰上燒至紅熱，此外，在接種過程中，試管或三角瓶口，也采取通過火焰而達到滅菌的目地。 

    4、藥物滅菌。所用藥品種類其多，只例三種 ①70%酒精，用于冷卻燒紅后的接種針，操作前手或用具的表面殺菌，載玻片，蓋玻片的浸泡等。②新潔爾滅、 市售一般為5%溶液，用時稀釋至萬分之一到千分之一，用于工作環(huán)境和器皿表面的滅菌。③0.1%升汞液：用于材料表面的殺菌，用具或廢棄的培養(yǎng)物實驗后的處理。④福爾馬林（40%由醛溶液）：用于空間的熏蒸滅菌，加熱或加高錳酸鉀使放盡甲醛氣體，注意將空間密閉并維持24小時 

    5、紫外線滅菌，用于接種室等的空氣滅菌。